En 5D Mark III (y 1D X), el microajuste AF es por número de serie de lente. Dos EF 70-200 mm f/2.8L IS II distintos pueden tener valores distintos.
Puedes registrar ajuste independiente para gran angular y tele en un mismo zoom. Antes solo uno para toda la focal.
Menú → «Revisar/editar info lente» → introduce número de serie manualmente.