El microondas calienta mediante radiación no ionizante que excita moléculas de agua, sin los riesgos de cáncer de la radiación ionizante (rayos X). Sin embargo, existen peligros reales:
En recipientes de paredes lisas, el agua puede superar los 100 °C sin burbujas. Al mover el vaso o añadir una bolsita de té, se produce una ebullición explosiva (nucleación) que puede causar quemaduras graves.
Los metales reflejan las microondas y generan chispas (arco) por ruptura dieléctrica del aire, creando ozono y óxidos de nitrógeno tóxicos, además de riesgo de incendio.
Recipientes con PVC, policarbonato o plastificantes pueden liberar sustancias al calentar, especialmente con alimentos grasos. La FDA recomienda usar vidrio o cerámica aptos para microondas.
Algunos aislantes cerámicos contienen óxido de berilio (berilia), tóxico si se inhala o ingiere polvo de una pieza rota. Un microondas muy dañado debe desecharse según normativa de residuos peligrosos.