Quitar la radio de fábrica en un Mustang 2001 no afecta a otras funciones electrónicas/mecánicas, salvo que tenga controles de radio en el volante (entonces pierdes esa función).
Guía de desmontaje (similar a tu modelo): installdr.com - 8 páginas PDF. Muestra extracción del salpicadero y diagramas de cableado para instalar radio aftermarket con arnés adaptador.
Usa siempre arnés específico (Metra, Scosche) para no cortar cableado original.