La calculadora (y otras apps de sistema: calendario, reloj, conversor, etc.) son archivos del firmware. Si desaparecieron, el firmware tiene archivos borrados/corruptos (virus, borrado accidental con explorador de archivos con acceso root, o flasheo incompleto).
Flasheo completo con Phoenix Service Software (reinstala todo el firmware limpio).
Tras flasheo, calculadora y todas las apps de sistema vuelven a aparecer.