Cuando abres "Nuevo mensaje" y ves números antiguos o contactos que no quieres, no se borran desde la app de Mensajes directamente. Están en el registro de llamadas.
También puedes ir a Ajustes > Aplicaciones > Teléfono > Almacenamiento > Borrar datos (esto restablece la app Teléfono, pero no borra contactos guardados). Tras esto, al redactar un SMS, solo aparecerán contactos de tu agenda.