Si iTunes muestra el iPhone pero no pasa apps, contactos ni libros (sí música), la casilla "Sincronizar apps" está desmarcada.
Pestaña Info > marca "Sincronizar contactos con" (Outlook, Contactos Windows, Google Contacts) y "Sincronizar calendarios con". Aplicar.
Pestaña Libros > "Sincronizar libros" > todos o seleccionados. Aplicar.
Si ya estaba marcado y falla: desmarca, Aplicar, vuelve a marcar, Aplicar. O reinicia iTunes y PC.
Windows 7 no es problema; iTunes 10/11/12 funciona bien.