Cydia es el gestor de paquetes del Jailbreak. Para eliminarlo:
Desde la propia app Cydia > Gestionar > Paquetes > Cydia Installer > Modificar > Desinstalar. Advertencia: Te quedas sin gestor de paquetes, pero el Jailbreak sigue ahí. Puede causar inestabilidad.
Mejor restaurar totalmente para volver a iOS oficial limpio.