Al tocar un vídeo en Safari (web), iOS abre la app nativa de YouTube (o la web en app) para reproducirlo. No reproduce Flash ni vídeo incrustado en la página como Android (que sí soporta Flash en versiones antiguas).
Es diseño de iOS: no hay Flash Player, y los vídeos web se delegan a apps nativas (YouTube, Vimeo, etc.) o HTML5. No hay ajuste para forzar reproducción incrustada como en Android.