Si intentas ver archivos ocultos en el cliente FTP/SFTP Transmit para Mac, no los encontrarás en Preferencias ni en Opciones de vista. La opción está en el menú Ver > Mostrar archivos invisibles. Al activarla, verás inmediatamente los archivos ocultos (como .htaccess, .profile, .ssh) tanto en carpetas locales como en servidores remotos.
Esta ubicación en el menú Ver tiene sentido desde una perspectiva por ventana, pero muchos usuarios (incluido el autor) preferirían que fuera una preferencia global persistente. De hecho, es un problema común: incluso usuarios avanzados pasan por alto esta opción. Ojalá los desarrolladores la añadan como interruptor en Preferencias en futuras versiones.