En iOS 5, las notificaciones por defecto son Banners (aparecen arriba y se van solos). Si prefieres las Alertas clásicas (cuadro modal con botones «Cerrar» / «Ver»), puedes volver a ellas app por app.
En la misma pantalla puedes decidir si esa app muestra notificaciones en Pantalla de bloqueo y en el Centro de Notificaciones.
Repite para cada app donde quieras el comportamiento antiguo.