En iOS 6, los enlaces de YouTube abrían forzosamente la app nativa. Para verlos en Safari (HTML5):
Resultado: los enlaces de YouTube (Mail, Safari, apps) se abren en Safari. Efecto secundario: oculta el icono de la app YouTube de la pantalla de inicio.
Debería ser una preferencia independiente, pero Apple no la puso. Truco de Macgasm. En iOS 7+ la app YouTube nativa desapareció (Google sacó su propia app).