El Finder y zip por defecto meten archivos ocultos (.DS_Store, .git, .svn, .htaccess…) en el archivo. Para excluir patrones, usa la bandera -x de zip en Terminal.
zip -r archivo.zip carpeta -x "patrón"
zip -r archivo.zip carpeta -x "*.DS_Store"
# Con subdirectorios (bash requiere comillas y escape):
zip -r archivo.zip carpeta -x "*/.DS_Store"
zip -r archivo.zip carpeta -x "*.jpg"
zip -r archivo.zip carpeta -x "*.git/*"
zip -r archivo.zip carpeta -x "*.svn/*"
zip -r archivo.zip carpeta -x ".*"
# Incluyendo subdirectorios:
zip -r archivo.zip carpeta -x "*/.*"
Nota: En bash (por defecto en macOS) las comillas son obligatorias para que los comodines funcionen.
Más potente que Finder: comodines, exclusión recursiva, contraseña opcional (-e), y todo nativo sin instalar nada. Para operaciones grandes, gana en velocidad y control.